Approches phylogénétiques de l’Evolution

Les étudiants doivent impérativement contacter le responsable de l’enseignement le plus tôt possible, et au plus tard 2 semaines avant le début des cours.

Dates : 21/01/2013 - 25/01/2013

Responsable : A. Hassanin / This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it

Niveau : Master 2 Semestre 4

Objectif :  Savoir (1) construire des matrices de caractères morphologiques et moléculaires, (2) obtenir des arbres à partir de ces matrices, (3) estimer la robustesse et la fiabilité des nœuds, et (4) discuter des relations de parenté au regard des données biogéographiques et paléontologiques.

Programme :

-      Application concrète des méthodes phylogénétiques pour étudier les relations de parenté entre les ordres de mammifères, et cela en analysant différents jeux de données (morphologie, génome mitochondrial, marqueurs nucléaires): création d’une matrice de caractères morphologiques ; choix des marqueurs moléculaires ; rapatriement des séquences à partir des banques; techniques d’acquisition des séquences (extraction, PCR, séquençage); alignements multiples ; codage des indels ; reconstruction des arbres (distance, parcimonie, maximum de vraisemblance et Bayesien) ; indices de robustesse (Bremer, Bootstrap, probabilités postérieures) ; comparaison des topologies ; fiabilité des résultats.

-      Principaux biais de reconstruction en phylogénie moléculaire: contaminations, paralogie, saturation mutationnelle, composition en base, variations des taux d’évolution entre les organismes, entre les gènes et entre les sites nucléotidiques.

-      Datations moléculaires et Biogéographie. Confrontation des résultats avec les données paléontologiques.

Intervenant : Alexandre Hassanin

Lieu : Muséum national d’Histoire naturelle - préfabriqué du 45 rue Buffon – 75005 PARIS