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EVENT 

TITLE:
Microbiologie évolutive et génomique
WHEN:
11.11.2013 - 15.11.2013
WHERE:
Paris - Île-de-France - Paris - Île-de-France
CATEGORIES:
SSIB : Semestre 3 , EGB : Semestre 3 , Enseignements du Master BSE , Thématique : Génétique, biologie moléculaire et évolution , Niveau : Perfectionnement , Enseignements du Diplôme SVT

DESCRIPTION

Microbiologie évolutive et génomique

Les étudiants doivent impérativement contacter le responsable de l’enseignement le plus tôt possible, et au plus tard 2 semaines avant le début des cours.

Dates :  11/11/2013 - 15/11/2013

Durée : 30 h

Responsable : Thierry Wirth / This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it (Directeur d’Etudes à l’EPHE)

Niveau : Master 2 Semestre 3 / Diplôme niveau Perfectionnement (UE transversale EGB /SSIB)

Objectifs : La microbiologie est une discipline en pleine révolution. Domaine privilégié de la recherche médicale, elle profite aujourd’hui des progrès liés à l’ère de la génomique, mais elle intègre également la génétique des populations, la bio-informatique, les statistiques Bayésiennes, ainsi que des approches démographiques. Mieux encore, les bactéries sont également de puissants outils qui permettent de mieux comprendre les principales forces évolutives qui agissent sur des populations naturelles, cette idée a donné naissance à une nouvelle discipline, l’Evolution expérimentale. Le but de cette UE est d’offrir aux étudiants une approche intégrative des micro-organismes qui traite aussi bien de la pathologie, de l’histoire évolutive, de l’origine et des propriétés (mutations, clonalité, recombinaisons et dispersion) des principales bactéries pathogènes. Des orateurs de différents horizons (génétique des populations, épidémiologistes, médecins, statisticiens, théoriciens des populations) viendront présenter dans des topos de 2 à 3 heures leurs principales contributions à la recherche appliquée ou fondamentale. Ces mêmes intervenants expliqueront dans le détail les outils qu’ils utilisent, leurs méthodes analytiques et finalement leur vision de la discipline. 

Programme :

- Évolution microbienne et épidémiologie (5h). Épidémiologie moléculaire et histoire évolutive des principales infections à bactéries clonales : Salmonella enterica, Yersinia pestis, Bacillus anthracis et la tuberculose.Thierry Wirth


- Les mécanismes de résistance aux infections bactériennes (3h). Immunologie. Bruno Canque (DE EPHE).


- Escherichia coli et le paradigme du sexe et de la virulence (3h). Ce cours présentera la structuration génétique d’E. coli ainsi que la diversité des pathotypes présents dans cette espèce. A l’aide d’une approche MLST (multiple locus sequence typing) la démonstration sera faite d’une corrélation positive entre la virulence et un accroissement des recombinaisons homologues. Ces résultats suggèrent un avantage à court terme des bactéries mutatrices qui peuvent ainsi échapper au système immunitaire en modifiant leurs protéines de surface. Des approches de génomique comparative seront également abordées. Le modèle sera étendu à d’autres maladies nosocomiales telles Moraxella catarrhalis. Thierry Wirth


- De l’utilisation des microbes comme traceurs des migrations humaines (3h). Ce cours s’appuiera essentiellement sur Helicobacter pylori, une bactérie polymorphe et très recombinogène de l’estomac qui s’avère dans certaines situations être plus informative que nos propres gènes pour retracer des mouvements de populations récents, ainsi que les métissages. Thierry Wirth


- Évolution, origine et effet de niche dans la structuration des Enterobacteriacae (3h).
Ce cours présentera des données macroévolutives et permettra de mieux appréhender la biodiversité présente des bactéries, en fonction de l’apparition de leurs différents hôtes au cours du temps (plantes, insectes, mammifères). Sylvain Brisse (CR Institut Pasteur)

- La modélisation des pandémies, théorie et cas d’études (4h). Ce cours abordera des algorithmes bayésiens qui permettent de calculer l’origine et la vitesse de dispersion de divers pathogènes dans une échelle spatiale et temporelle. Des inférences démographiques seront également évaluées, le tout sera illustré par un cas d’étude sur ladispersion d’un clone de staphylocoque doré (approche génomique). Thierry Wirth

- L’évolution expérimentale (3h). Introduction. Adaptation à de nouvelles niches et résistance aux antibiotiques. Les expériences de Richard Lenski et leurs implications. Thierry Wirth
 

- Métagénomique médicale (3h). Ce cours abordera les applications de la métagénomique à la santé humaine. Un premier volet ciblera la diversité et le rôle de la flore bactérienne du tube disgestif (Firmicutes) dans le métabolisme des humains et les problèmes d’obésité. Un second volet traitera de la détection de virus hémorragiques « intraçables» par cette nouvelle technologie. Thierry Wirth

Examen final : 3h

Cette UE requiert des connaissances de base en génétique des populations et en statistiques (idéalement les cours de S1 « génétique des populations » et de S3 «génétique moléculaire des populations et coalescence » auront été suivis par les étudiants). Ceci n’étant pas une obligation. L’UE intègre des technologies récentes et l’analyse de métadonnées (génomes, SNP, multilocus).

Intervenants : T. Wirth, B. Canque, S. Brisse

Lieu : Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris 5ème

 

Site web de Thierry Wirth : http://www.thierrywirth-lab.com

 

 

VENUE

Lieu:
Paris - Île-de-France

DESCRIPTION

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